Terminata l'esperienza in Formula 1, Giovanni Lavaggi – soddisfatto per aver conquistato la massima espressione dell'automobilismo sportivo – inizia una nuova sfida. Nel 1998 diventa parte attiva di un nuovo Team, che disputa il Campionato del Mondo Sport-Prototipi con una Ferrari 333 SP. Si apre in questo modo un'altra strada per il pilota siciliano: oltre a continuare a gareggiare sui circuiti di tutto il mondo, si occupa anche della direzione tecnica del team. Nello svolgere questa nuova attività, gli sono di grande aiuto la sua formazione scolastica e la sua precedente esperienza lavorativa. Giovanni Lavaggi infatti, ha conseguito la laurea in Ingegneria Meccanica al Politecnico di Milano ed ha svolto l'attività di consulente in Direzione Aziendale dal 1986 al 1991.

 Il Team, già molto competitivo dal debutto, ottiene la fiducia del team Minardi Formula 1 con il quale inizia una collaborazione volta a formare giovani piloti per un loro debutto in Formula 1. Nel 1999 arriva la prima vittoria sul tracciato francese di Magny-Cours con lo stesso Giovanni Lavaggi al volante e con il pilota "Minardi" Gaston Mazzacane che l'anno successivo debutterà in F1. Al suo posto arriva un'altro pilota dell'entourage Minardi: Nicolas Filiberti. Nella stagione 2000 Giovanni sigla 2 pole positions e ottiene con Nicolas 4 podi nel corso della stagione. Nella stagione 2001 arriva un'altra prestigiosa vittoria a Monza nelle mitica "1000 km di Monza".

La storia dell'automobilismo sportivo ha mostrato quale straordinario impulso allo sviluppo delle automobili si deve a quei pochi "pionieri" che, all’epoca, progettavano e costruivano con spirito artigianale macchine da corsa, le pilotavano in gara e magari lanciavano versioni stradali di questi bolidi.  Grande fama e successo hanno arriso ad uomini come Bruce McLaren o Jack Brabham, che hanno saputo coniugare le qualità di pilota, di progettista e d'imprenditore. Da decenni non assistiamo più a simili imprese e Giovanni Lavaggi, sostenuto dallo stesso spirito, passione e determinazione dei suoi predecessori nel 2003 raccoglie la sfida di voler dimostrare che anche ai giorni nostri è possibile pilotare in gara una vettura propria nel progetto e nella costruzione. Comincia così la nuova avventura di Giovanni Lavaggi come pilota-costruttore.

Realizzando il suo sogno, Giovanni Lavaggi rilancia concretamente la figura storica del pilota-costruttore portando in pista, a fine 2006, la sua "Lavaggi LS1". La vettura, uno sport prototipo della classe maggiore (LM P1) equipaggiata con un motore Ford V8, esordirà nel campionato "Le Mans Series" 2006 pilotata dal suo progettista-costruttore. La LS1 è anche la prima vettura sport-prototipo progettata e costruita a Monte-Carlo e corre con i colori bianco e rosso del Principato di Monaco. Nel corso del 2007 il motore Ford V8 "stock block" di vecchia concezione non garantisce i risultati sperati e così si decide per un cambio di propulsore (il biturbo V8 costruito dalla casa inglese AER) che viene portato in pista nel 2008 e che progressivamente migliora le sue prestazioni dell'insieme vettura, fino ad arrivare alla pole position ed al giro più veloce in gara in occasione della 6h di Vallelunga, classica gara di durata di fine stagione.

Giovanni Lavaggi:

“L’idea di partecipare alle corse con una vettura disegnata e costruita da me è stata da sempre nei miei pensieri. Fin da piccolo, l’ammirazione nei confronti dei grandi protagonisti dello sport automobilistico mi faceva sognare di poterli un giorno emulare. Chissà? Può anche darsi che l’essere nato il 18 febbraio, lo stesso giorno di Enzo Ferrari, attraverso un misterioso influsso astrologico, abbia influenzato il mio destino e sostenga la mia passione. Ringrazio gli sponsor e tutti coloro che per pura amicizia e passione mi aiutano a far sì che questa difficile sfida possa avere sempre maggior successo.”